|
Akronim: BiSearch Leírás: Primer tervező és ePCR-t készítő eljárás biszulfittal kezelt és nem kezelt DNS szekvenciákra (cDNS, genomiális) Webcím: http://bisearch.enzim.hu Referencia: Arányi, T., Váradi, A., Simon, I., Tusnády, G.E., 2006. The BiSearch web server. BMC Bioinformatics 7, 431. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-431 |
|
Akronim: Cancer Hallmarks Leírás: A cancer hallmarkokhoz köthető gének dúsulásának vizsgálatára szolgáló online platform Webcím: https://cancerhallmarks.com/ Referencia: Menyhárt, O., Kothalawala, W.J., Győrffy, B.: 2024. A gene set enrichment analysis for the cancer hallmarks. Pharm Anal 101065, https://doi.org/10.1016/j.jpha.2024.101065 |
|
Akronim: CanSysPlot Leírás: A génexpressziós változásokat és mutációs státuszt funkcionálisan megjelenítő platform szolid tumorokban Webcím: https://www.Cansysplot.com/ Referencia: közlésre benyújtva |
 |
Akronim: CCTOP Leírás: A transzmembrán fehérjék topológiáját és struktúráját feldolgozó eszközök Webcím: http://cctop.ttk.hu Referencia: Dobson, L., Reményi, I., Tusnády, G.E., 2015. CCTOP: a Consensus Constrained TOPology prediction web server. Nucleic Acids Res 43, W408-412. https://doi.org/10.1093/nar/gkv451
|
|
Akronim: EpigenPlot Leírás: Metilációs adatok összehasonlítására szolgáló online platform Webcím: https://www.epigenplot.com/ Referencia: Müller, D., Győrffy, B., 2022. DNA methylation-based diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in colorectal cancer. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Reviews on Cancer, 1877(3), 188722. |
|
Akronim: HMMTOP Leírás: Transzmembrán régiók becslése az aminosav szekvencia alapján Webcím:http://www.enzim.hu/hmmtop Referencia: Tusnády, G.E., Simon, I., 2001. The HMMTOP transmembrane topology prediction server. Bioinformatics 17, 849–850. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.849 |
|
Akronim: IsoMut Leírás: Izogén mintacsoportokban előforduló egyedi mutációk (SNP, deléció, inszerció) meghatározására szolgáló eszköz Webcím: http://www.genomics.hu/tools/isomut/isomut.html Referencia: Pipek, O., Ribli, D., Molnár, J., Póti, Á., Krzystanek, M., Bodor, A., Tusnády, G.E., Szallasi, Z., Csabai, I., Szüts, D., 2017. Fast and accurate mutation detection in whole genome sequences of multiple isogenic samples with IsoMut. BMC Bioinformatics 18, 73. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1492-4 |
 |
Akronim: IUPred Leírás: Rendezetlen fehérje régiók meghatározására szolgáló eszköz Webcím: https://iupred3.elte.hu/ Referencia: Erdős, G., Pajkos, M., Dosztányi, Z., 2021. IUPred3: prediction of protein disorder enhanced with unambiguous experimental annotation and visualization of evolutionary conservation. Nucleic Acids Res 49, W297–W303. https://doi.org/10.1093/nar/gkab408 |
|
Akronim: KmPlot Leírás: Onkológiai túlélés-biomarkerek validálására készített eszköz Webcím: https://kmplot.com/ Referencia: Lánczky, A., Győrffy, B., 2021. Web-Based Survival Analysis Tool Tailored for Medical Research (KMplot): Development and Implementation. J Med Internet Res 23, e27633. https://doi.org/10.2196/27633
|
|
Akronim: Kooplex Leírás: Kutatóegységek együttműködését segítő virtuális infrastruktúra hálózat Webcím: https://k8plex-edu.elte.hu/hub/ Referencia: Dávid Visontai, József Stéger, János Márk Szalai-Gindl, László Dobos, László Oroszlány, István Ervin Csabai: Kooplex: collaborative data analytics portal for advancing sciences (Preprint) |
|
Akronim: MemDis Leírás: Transzmembrán fehérjékben levő rendezetlen szakaszok becslésére alkalmas eljárás Webcím: http://memdis.ttk.hu Referencia: Dobson, L., Tusnády, G.E., 2021. MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins. Int J Mol Sci 22, 12270. https://doi.org/10.3390/ijms222212270 |
|
Akronim: Metaanalysis Online Leírás: Azonos célú kutatások eredményeit összevonni képes online platform Webcím: https://metaanalysisonline.com/ Referencia: Fekete, J., Győrffy, B. 2025. MetaAnalysisOnline.com: an Online Tool for the Rapid Meta-Analysis of Clinical and Epidemiological Studies. JMIR in press. |
 |
Akronim: Multiple Testing Correction Leírás: Eszköz az élettudományi kutatók számára a többszörös hipotézisvizsgálat korrekciójához Webcím:https://multipletesting.com/ Referencia: Menyhart, O., Weltz, B., Győrffy, B., 2021. MultipleTesting.com: A tool for life science researchers for multiple hypothesis testing correction. PLoS One 16, e0245824. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0245824
|
|
Akronim: muTarget Leírás: A génexpressziós változásokat és a mutációs státuszt összekötő platform szolid tumorokban Webcím: https://www.mutarget.com/ Referencia: Nagy, Á., Győrffy, B., 2021. muTarget: A platform linking gene expression changes and mutation status in solid tumors. Int J Cancer 148, 502–511. https://doi.org/10.1002/ijc.33283 |
|
Akronim: OpenBioMaps Leírás: Biodiverzitás kutatási és természetvédelmi adatkezelő platform, Webcím: https://openbiomaps.org Referencia: Bán, M., Boné, G.M., Bérces, S. et al. OpenBioMaps – self-hosted data management platform and distributed service for biodiversity related data. Earth Sci Inform 15, 2007–2016 (2022). |
|
Akronim: PolarProtPred Leírás: Transzmembrán fehérjék polarizált sejtekben való lokalizációjának becslésére alkalmas eljárás Webcím:http://polarprotpred.ttk.hu Referencia: Dobson, L., Zeke, A., Tusnády, G.E., 2021. PolarProtPred: predicting apical and basolateral localization of transmembrane proteins using putative short linear motifs and deep learning. Bioinformatics 37, 4328–4335. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab480 |
|
Akronim: Recurrence Online Leírás: Transzkriptom alapú emlő tumor diagnosztikai eszköz Webcím: http://www.recurrenceonline.com Referencia: Győrffy, B., Benke, Z., Lánczky, A., Balázs, B., Szállási, Z., Timár, J., Schäfer, R., 2012. RecurrenceOnline: an online analysis tool to determine breast cancer recurrence and hormone receptor status using microarray data. Breast Cancer Res Treat 132, 1025–1034. https://doi.org/10.1007/s10549-011-1676-y |
| Akronim: ROC plotter Leírás: A génexpresszió alapján prediktív biomarkerek azonosítása és validálása szolid tumorokban Webcím: http://www.rocplot.com Referencia: Fekete, J.T., Győrffy, B., 2019. ROCplot.org: Validating predictive biomarkers of chemotherapy/hormonal therapy/anti-HER2 therapy using transcriptomic data of 3,104 breast cancer patients. Int J Cancer 145, 3140–3151. https://doi.org/10.1002/ijc.32369
|
 |
Akronim: SurvSig Leírás: Génexpressziós szignatúrák alapján történő túlélési, klaszterezési és funkcionális elemzéseket támogató online platform daganatos betegkohorszok vizsgálatához. Webcím: https://survsig.hcemm.eu/ |
|
Akronim: TMDet Leírás: Transzmembrán régiók detektálása a fehérjék 3D-s struktúrája segítségével Webcím: http://tmdet.enzim.hu Referencia: Tusnády, G.E., Dosztányi, Z., Simon, I., 2005a. TMDET: web server for detecting transmembrane regions of proteins by using their 3D coordinates. Bioinformatics 21, 1276–1277. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti121 |
 |
Akronim: TNMplot Leírás: Differenciális génexpressziós elemzés tumoros, normális és metasztatikus szövetekben Webcím: https://tnmplot.com/analysis/ Referencia: Bartha, Á., Győrffy, B., 2021. TNMplot.com: A Web Tool for the Comparison of Gene Expression in Normal, Tumor and Metastatic Tissues. Int J Mol Sci 22, 2622. https://doi.org/10.3390/ijms22052622
|
Utolsó frissítés: 2025.02.10.
