A közelmúltban jelent meg Dr. Sramkó Gábor ELIXIR vezető kutató irányításával készült közlemény, amelyben egy eukarióta, nem-modell növényfaj, a csipkés gyöngyvessző (a Spiraea crenata L.) teljes genomjának első feltérképezéséről olvashatunk. Ez az első Magyarországon összeszerelt nem-modell növényfaj genom.
Ez a rózsafélékhez (Rosaceae) tartozó faj természetvédelmi, kulturális és kertészeti jelentőséggel bír, és eddig nem voltak genomikai információk a szűkebb rokonsági köréből, a Spiraeeae tribuszból. Második (BGIseq) és harmadik (ONT) generációs szekvenálással generáltak genomi olvasatokat egy tordatúri növényből, majd hibrid összeszerelési megközelítéssel rekonstruálták az egyed teljes genomját. Az összeszerelt genom fehérjéket kódoló génjei alapján az annotációt is elvégezték. A faj első összeszerelt genomjának mérete 218 Mbp, N50 értéke 7,7 Mbp, BUSCO-pontszáma pedig 96,0%. Mivel ez az első teljes genom a Spiraeeae tribuszban, nemcsak egy ritka növény genomikai tanulmányozásának első lépése, hanem hozzájárul a Rosaceae család biodiverzitásának és evolúciótörténetének tanulmányozását támogató genomikai források bővítéséhez is.
A cikk teljes terjedelmében ezen a linken érhető el.
