Eszköz-szolgáltatások

Akronim: CCTOP

Leírás: A transzmembrán fehérjék topológiáját és struktúráját feldolgozó eszközök

Webcím: http://cctop.enzim.ttk.mta.hu

Referencia: Dobson, L., Reményi, I., Tusnády, G.E., 2015. CCTOP: a Consensus Constrained TOPology prediction web server. Nucleic Acids Res 43, W408-412. https://doi.org/10.1093/nar/gkv451

Akronim: IUPred

Leírás: Rendezetlen fehérje régiók meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: https://iupred3.elte.hu/

Referencia: Erdős, G., Pajkos, M., Dosztányi, Z., 2021. IUPred3: prediction of protein disorder enhanced with unambiguous experimental annotation and visualization of evolutionary conservation. Nucleic Acids Res 49, W297–W303. https://doi.org/10.1093/nar/gkab408

Akronim: KMPLOT

Leírás: Onkológiai túlélés-biomarkerek validálására készített eszköz

Webcím: https://kmplot.com/

Referencia: Lánczky, A., Győrffy, B., 2021. Web-Based Survival Analysis Tool Tailored for Medical Research (KMplot): Development and Implementation. J Med Internet Res 23, e27633. https://doi.org/10.2196/27633

Akronim: IsoMut

Leírás: izogén mintacsoportokban előforduló egyedi mutációk (SNP, deléció, inszerció) meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: http://www.genomics.hu/tools/isomut/isomut.ht

Referencia: Pipek, O., Ribli, D., Molnár, J., Póti, Á., Krzystanek, M., Bodor, A., Tusnády, G.E., Szallasi, Z., Csabai, I., Szüts, D., 2017. Fast and accurate mutation detection in whole genome sequences of multiple isogenic samples with IsoMut. BMC Bioinformatics 18, 73. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1492-4

Akronim: ROC plotter

Leírás: génexpresszió alapján prediktív biomarkerek azonosítása és validálása szolid tumorokban

Webcím: http://www.rocplot.com

Referencia: Fekete, J.T., Győrffy, B., 2019. ROCplot.org: Validating predictive biomarkers of chemotherapy/hormonal therapy/anti-HER2 therapy using transcriptomic data of 3,104 breast cancer patients. Int J Cancer 145, 3140–3151. https://doi.org/10.1002/ijc.32369

Akronim: BiSearch

Leírás: Primer Design and Search Tool

Webcím: http://bisearch.enzim.hu

Primer tervező és ePCR-t készítő eljárás biszulfittal kezelt és nem kezelt DNS szekvenciákra (cDNS, genomiális)

Referencia: Arányi, T., Váradi, A., Simon, I., Tusnády, G.E., 2006. The BiSearch web server. BMC Bioinformatics 7, 431. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-431

Akronim: CMWeb

Leírás: Contact Map WebViewer

Webcím: http://cmweb.enzim.hu

Referencia: Kozma, D., Simon, I., Tusnády, G.E., 2012. CMWeb: an interactive on-line tool for analysing residue-residue contacts and contact prediction methods. Nucleic Acids Res 40, W329-333. https://doi.org/10.1093/nar/gks488

Akronim: HMMTOP

Leírás: Transzmembrán régiók becslése az aminosav szekvencia alapján

Webcím: http://www.enzim.hu/hmmtop

Referencia: Tusnády, G.E., Simon, I., 2001. The HMMTOP transmembrane topology prediction server. Bioinformatics 17, 849–850. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.849

Akronim: MemDis

Leírás: Transzmembrán fehérjékben levő rendezetlen szakaszok becslésére alkalmas eljárás

Webcím: http://memdis.ttk.hu

Referencia: Dobson, L., Tusnády, G.E., 2021. MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins. Int J Mol Sci 22, 12270. https://doi.org/10.3390/ijms222212270

Akronim: Multiple Testing Correction

Leírás: Eszköz az élettudományi kutatók számára a többszörös hipotézisvizsgálat korrekciójához.

Webcím: https://multipletesting.com/

Referencia: Menyhart, O., Weltz, B., Győrffy, B., 2021. MultipleTesting.com: A tool for life science researchers for multiple hypothesis testing correction. PLoS One 16, e0245824. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0245824