Eszköz-szolgáltatások

Akronim: CCTOP

Leírás: A transzmembrán fehérjék topológiáját és struktúráját feldolgozó eszközök

Webcím: http://cctop.enzim.ttk.mta.hu

Referencia: Dobson, L., Reményi, I., Tusnády, G.E., 2015. CCTOP: a Consensus Constrained TOPology prediction web server. Nucleic Acids Res 43, W408-412. https://doi.org/10.1093/nar/gkv451

Akronim: IUPred

Leírás: Rendezetlen fehérje régiók meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: https://iupred3.elte.hu/

Referencia: Erdős, G., Pajkos, M., Dosztányi, Z., 2021. IUPred3: prediction of protein disorder enhanced with unambiguous experimental annotation and visualization of evolutionary conservation. Nucleic Acids Res 49, W297–W303. https://doi.org/10.1093/nar/gkab408

Akronim: KMPLOT

Leírás: Onkológiai túlélés-biomarkerek validálására készített eszköz

Webcím: https://kmplot.com/

Referencia: Lánczky, A., Győrffy, B., 2021. Web-Based Survival Analysis Tool Tailored for Medical Research (KMplot): Development and Implementation. J Med Internet Res 23, e27633. https://doi.org/10.2196/27633

Akronim: IsoMut

Leírás: izogén mintacsoportokban előforduló egyedi mutációk (SNP, deléció, inszerció) meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: http://www.genomics.hu/tools/isomut/isomut.ht

Referencia: Pipek, O., Ribli, D., Molnár, J., Póti, Á., Krzystanek, M., Bodor, A., Tusnády, G.E., Szallasi, Z., Csabai, I., Szüts, D., 2017. Fast and accurate mutation detection in whole genome sequences of multiple isogenic samples with IsoMut. BMC Bioinformatics 18, 73. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1492-4

Akronim: ROC plotter

Leírás: génexpresszió alapján prediktív biomarkerek azonosítása és validálása szolid tumorokban

Webcím: http://www.rocplot.com

Referencia: Fekete, J.T., Győrffy, B., 2019. ROCplot.org: Validating predictive biomarkers of chemotherapy/hormonal therapy/anti-HER2 therapy using transcriptomic data of 3,104 breast cancer patients. Int J Cancer 145, 3140–3151. https://doi.org/10.1002/ijc.32369

Akronim: BiSearch

Leírás: Primer Design and Search Tool

Webcím: http://bisearch.enzim.hu

Primer tervező és ePCR-t készítő eljárás biszulfittal kezelt és nem kezelt DNS szekvenciákra (cDNS, genomiális)

Referencia: Arányi, T., Váradi, A., Simon, I., Tusnády, G.E., 2006. The BiSearch web server. BMC Bioinformatics 7, 431. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-431

Akronim: CMWeb

Leírás: Contact Map WebViewer

Webcím: http://cmweb.enzim.hu

Referencia: Kozma, D., Simon, I., Tusnády, G.E., 2012. CMWeb: an interactive on-line tool for analysing residue-residue contacts and contact prediction methods. Nucleic Acids Res 40, W329-333. https://doi.org/10.1093/nar/gks488

Akronim: HMMTOP

Leírás: Transzmembrán régiók becslése az aminosav szekvencia alapján

Webcím: http://www.enzim.hu/hmmtop

Referencia: Tusnády, G.E., Simon, I., 2001. The HMMTOP transmembrane topology prediction server. Bioinformatics 17, 849–850. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.849

Akronim: MemDis

Leírás: Transzmembrán fehérjékben levő rendezetlen szakaszok becslésére alkalmas eljárás

Webcím: http://memdis.ttk.hu

Referencia: Dobson, L., Tusnády, G.E., 2021. MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins. Int J Mol Sci 22, 12270. https://doi.org/10.3390/ijms222212270

Akronim: Multiple Testing Correction

Leírás: Eszköz az élettudományi kutatók számára a többszörös hipotézisvizsgálat korrekciójához.

Webcím: https://multipletesting.com/

Referencia: Menyhart, O., Weltz, B., Győrffy, B., 2021. MultipleTesting.com: A tool for life science researchers for multiple hypothesis testing correction. PLoS One 16, e0245824. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0245824

Akronim: PolarProtPred

Leírás: Transzmembrán fehérjék polarizált sejtekben való lokalizációjának becslésére alkalmas eljárás

Webcím: http://polarprotpred.ttk.hu

Referencia: Dobson, L., Zeke, A., Tusnády, G.E., 2021. PolarProtPred: predicting apical and basolateral localization of transmembrane proteins using putative short linear motifs and deep learning. Bioinformatics 37, 4328–4335. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab480

Akronim: TMCrys

Leírás: Transzmembrán fehérjék kristályosíthatóságának becslésére alkalmas eljárás

Webcím: http://tmcrys.enzim.ttk.mta.hu/

Referencia: Varga, J.K., Tusnády, G.E., 2019. The TMCrys server for supporting crystallization of transmembrane proteins. Bioinformatics 35, 4203–4204. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz108

Akronim: TMDet

Név:Transzmembrán régiók detektálása a fehérjék 3D-s struktúrája segítségével

Webcím: http://tmdet.enzim.hu

Referencia: Tusnády, G.E., Dosztányi, Z., Simon, I., 2005a. TMDET: web server for detecting transmembrane regions of proteins by using their 3D coordinates. Bioinformatics 21, 1276–1277. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti121

Akronim: TNMplot

Leírás: differenciális génexpressziós elemzés tumoros, normális és metasztatikus szövetekben

Webcím: https://tnmplot.com/analysis/

Referencia: Bartha, Á., Győrffy, B., 2021. TNMplot.com: A Web Tool for the Comparison of Gene Expression in Normal, Tumor and Metastatic Tissues. Int J Mol Sci 22, 2622. https://doi.org/10.3390/ijms22052622

Akronim: Kooplex

Leírás: kutatóegységek együtt-működését segítő virtuális infrastruktúra hálózat

Webcím: https://k8plex-edu.elte.hu/hub/

Referencia: Referencia: Dávid Visontai, József Stéger, János Márk Szalai-Gindl, László Dobos, László Oroszlány, István Ervin Csabai: Kooplex: collaborative data analytics portal for advancing sciences

(Preprint)

Akronim: G-2-O

Genotype to Outcome

Leírás: Mutáció vagy CNV, génexpresszió és a túlélés összekapcsolt vizsgálatára szolgáló eszköz

Webcím: http://www.g-2-o.com

Referencia: Pongor, L., Kormos, M., Hatzis, C., Pusztai, L., Szabó, A., Győrffy, B., 2015. A genome-wide approach to link genotype to clinical outcome by utilizing next generation sequencing and gene chip data of 6,697 breast cancer patients. Genome Med 7, 104. https://doi.org/10.1186/s13073-015-0228-1

Akronim: Recurrence Online

Leírás: transzkriptom alapú emlő tumor diagnosztikai eszköz

Webcím: http://www.recurrenceonline.com

Referencia: Győrffy, B., Benke, Z., Lánczky, A., Balázs, B., Szállási, Z., Timár, J., Schäfer, R., 2012. RecurrenceOnline: an online analysis tool to determine breast cancer recurrence and hormone receptor status using microarray data. Breast Cancer Res Treat 132, 1025–1034. https://doi.org/10.1007/s10549-011-1676-y

Akronim: muTarget

Leírás: A génexpressziós változásokat és a mutációs státuszt összekötő platform szolid tumorokban

Webcím: https://www.mutarget.com/

Referencia: Nagy, Á., Győrffy, B., 2021. muTarget: A platform linking gene expression changes and mutation status in solid tumors. Int J Cancer 148, 502–511. https://doi.org/10.1002/ijc.33283