|
Dr. Bartha Áron
Semmelweis Egyetem,
Bioinformatika Tanszék,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Transzkriptom alapú adatok elemzése tumoros, normál és metasztatikus szövetminták alapján
Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs
Kutatásaim során daganatos, normál és metatsztatikus szövetek transzkriptom és proteom szintű feldolgozásával és elemzésével foglalkozom. A létrehozott tnmplot.com elemző felület fenntartása és fejlesztése mellett kutatásom fókusza a normál és daganatos vese szövetekből nyert transzkriptomikai és a proteomikai adatok vizsgálata és összehasonlítása.
|
|
Dr. Bátai Bence
Semmelweis Egyetem,
I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Térbeli és időbeli genetikai heterogenitás azonosítása és monitorozása non-Hodgkin lymphomákban folyadék-biopsziás minták segítségével
Témavezető: Prof. Dr. Bödör Csaba
A PhD témámhoz kapcsolódó kutatás során B-sejtes non-Hodgkin lymphomával diagnosztizált betegek vérplazma mintáiból izolált keringő sejtmentes DNS-t vizsgáljuk újgenerációs szekvenálás segítségével. Célunk a folyadék-biopsziás eljárás rejtette lehetőségek demonstrálása a daganatokban megjelenő térbeli genetikai heterogenitás és terápia alatti evolúciós dinamika feltárására. A kutatás a B-sejtes non-Hodgkin lymphomák rizikó stratifikációját és a terápia személyre szabását elősegítő biomarkerek feltárásához vezethet.
|
|
Becsei Ágnes
Eötvös Loránd Tudományegyetem,
Fizikai Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: metagenomika, antimikrobiális rezisztencia
Témavezető: Prof. Dr. Csabai István
Kutatómunkám során környezeti minták, elsősorban levegő és szennyvíz minták metagenomikai elemzésével, az antimikrobiális rezisztencia gének felderítésévél és vizsgálatával foglalkozom. A teljes metagenom szekvenálásra alkalmas minták gyűjtése levegőből igen nehézkes, részben mert a levegőben a mikróbák koncentrációja alacsony és összetételük változó. Talán ez az oka annak, hogy a levegő metagenomika, a levegőben található antimikrobiális rezisztencia gének vizsgálata többnyire feltáratlan területek. Korábbi vizsgálataink során a nehézségek ellenére több antimikrobiális rezisztencia gént is sikerült azonosítanunk levegő mintákban. Munkámmal célom a levegő metagenomikára alkalmas mintavételi és elemzési módszerek fejlesztése mellett, a levegőben található rezisztencia gének egészségügyi kockázatának tanulmányozása. Emellett az Újonnan Felbukkanó fertőző betegségek Obszervatóriuma (VEO) nevű nemzetközi konzorcium keretein belül gyűjtött szennyvíz minták metagenomikai elemzésével is foglalkozom. Ezen minták esetében célom annak vizsgálata, hogy a szennyvíz mennyire lehet alkalmas a fertőző betegségek kórokozóinak, vektorainak és az antimikrobiális rezisztencia gének monitorozására, elterjedésének vizsgálatára.
|
|
Dr. Bedics Gábor
Semmelweis Egyetem,
I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet, Budapest
|
|
|
Kutatási terület: gyermekkori ALL genomikai és transzkriptomikai profiljának meghatározása NGS-vizsgálatok bioinformatikai elemzésével
Témavezetők: Dr. Alpár Donát, Dr. Sebestyén Endre
Fő kutatási témám a gyermekkori akut lymphoid leukémia genom- és transzkriptumszintű újgenerációs szekvenálási adatainak elemzése kor- szerű bioinformatikai módszerekkel. Célunk a diagnosztikát, rizikóbecs- lést és a terápiás stratégia meghatározását támogató biomarkerek, genomi variánsok és fúziós transzkriptumok azonosítása. A kapott eredmények biostatisztikai elemzése is része a munkámnak, melyet főképp az R szoft- ver segítségével végzek.
|
|
Déri Máté
Semmelweis Egyetem,
Gyógyszertudományok Doktori Iskola,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: A gyógyszer-metabolizmusban mutatkozó interindividuális eltérések hátterének feltárása
Témavezető: Dr. Monostory Katalin
Déri Máté a PhD disszertációjához kapcsolódó kutatómunka során a gyógyszer-metabolizmusban mutatkozó interindividuális eltérések hátterével foglalkozott. Egy qPCR módszer optimalizálást követően, a finomított eljárással veseelégtelenséggel élő betegek mintáiban vizsgálta a gyógyszer-metabolizmusban fontos szerepet betöltő citokróm P450 (CYP) enzimek mRNS expresszióját, egy egészséges veseparaméterekkel rendelkező vizsgálati csoport értékeivel összevetve. Szív- és májtranszplantált páciensekben a CYP enzimek genetikai és mRNS expressziós paramétereinek függvényében elemezte a betegek immunszupresszáns hatóanyag metabolizáló kapacitását, a pontosabb, személyre szabott gyógyszeres terápia támogatása érdekében.
|
|
Diósdi Ákos
Szegedi Tudományegyetem,
Szegedi Biológiai Kutatóközpont,
Szeged
|
 |
|
Kutatási terület: 3-dimenziós (3D) nagy áteresztőképességű rendszer fejlesztése egysejt alapú fenotipikus analízisre és alkalmazása személyre szabott rákkutatásban
Témavezető: Dr. Horváth Péter
Az utóbbi évtizedekben a 2-dimenziós (2D) sejtkultúrák meghatározó szerepet töltöttek be gyógyszerkutatásban. Ugyanakkor a 2D-s modelleknek megvan az a hátránya, hogy nem feltétlenül reprezentálják megfelelően a szöveti struktúrákat. Napjainkban a 3-dimenziós (3D) sejtkultúrák egyre nagyobb népszerűségre tesznek szert, mivel jobban tükrözik a szöveti felépítést in vivo. Ennek köszönhetően a 3D-s modellek egy új megoldást jelenthetnek a gyógyszerkutatásban, de ehhez szükség van egy egységes protokollra a szferoidok előállításától, az egysejt-szintű feldolgozáson át, a kiértékelésig bezárólag. Munkánk során humán karcinóma sejtvonalak segítségével szferoidokat készítünk, amelyeket különböző kezelések alkalmazásával átláthatóvá tudunk tenni, majd a szelektív sík-megvilágítású mikroszkóp (light-sheet) segítségével egysejt-szinten tudunk detektálni. A célunk, hogy egy olyan nagy áteresztőképességű rendszert fejlesszünk, amely képes meggyorsítani az szferoidok egysejt-szintű detektálását és fenotipikus analízisét.
|
|
Fekete Ferenc
Eötvös Loránd Tudományegyetem,
TTK Enzimológiai Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: A gyógyszer-metabolizmust befolyásoló tényezők és a személyre szabott gyógyszeres terápia lehetőségei
Témavezető: Dr. Monostory Katalin
PhD hallgatóként kutatási tevékenységemet farmakogenetikai témakörben folytatom. A gyógyszer-metabolizmusban fontos szereppel bíró citokróm P450 (CYP) génekben előforduló funkcióváltozást eredményező mutációk és kópiaszám változás kimutatását, illetve génexpressziós vizsgálatokat végzünk real-time PCR alapú módszerrel. Az egyén előzetes CYP‐státusz vizsgálatával azonosíthatók a klinikailag releváns CYP mutációk, illetve a megváltozott CYP expresszió, ezáltal lehetővé válik a fokozott mellékhatás kockázatú vagy terápiás hatástalanságot eredményező gyenge vagy extenzív gyógyszer‐metabolizmus előrejelzése. Célunk a gyógyszer-metabolizmusban mutatkozó inter- és intraindividuális különbségek hátterének vizsgálata, az egyéni gyógyszerlebontó képesség becslése és alkalmazása betegek személyre szabott gyógyszeres terápiájában.
|
|
Hirling Dominik
Szegedi Tudományegyetem,
Informatikai Intézet
Szegedi Biológiai Kutatóközpont,
Szeged
|
|
|
Kutatási terület: Gépi tanulási és matematikai modellek a biológiai képfeldolgozásban
Témavezető: Dr. Horváth Péter
A biológiai képfeldolgozás területén az egyik legaktívabb kutatási terület a mikroszkópos képeken történő sejtszegmentálás. Napjainkban ezeket a feladatokat úgynevezett mély neuronhálókkal oldják meg, melyek rendkívül hatékonyan képesek szegmentálásokat végezni, amennyiben nagy mennyiségű tanító adat áll rendelkezésre. Ezekhez a feladatokhoz nagyrészt konvolúciós mély neuronhálókat használnak. Kutatásom témája egy olyan automatikus tanítóhalmaz-generáló módszer koncepciójának kidolgozása és megvalósítása, amely nagyon erős matematikai megalapozottsággal rendelkezik és intuitív módon ötvözi több szakértő annotálását. Ez tulajdonképpen az első lépés egy teljesen automatikus sejtszegmentáló munkafolyamatban. További kutatásaim közé tartozik egy olyan mélytanuló
algoritmus létrehozása, ami a konvolúciós neuronhálókat és erős elméleti megalapozottságú geometriai jellemzőket is felhasznál a mikroszkópos képekről, a szegmentálást pedig ezek alapján végzi el.
|
|
Hoffka Gyula
Debreceni Egyetem,
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet,
Debrecen
|
|
|
Kutatási terület: Enzimevolúció elméleti kémiai vizsgálata
Témavezető: Prof. Dr. Tőzsér József
Kutatásom célja az enzimevolúció mögött meghúzódó folyamatok megismerése. Munkám során modern elméleti kémiai számításokkal vizsgálok enzimrendszereket. Alkalmazom többek között a Nobel díjas Arieh Warshel által fejlesztett módszereket, ill. klasszikus molekuladinamikai szimulációkat is. További elméleti kutatómunkát folytatok a Retrovirális Biokémiai Kutató Laboratóriumban. Eredményeim kiértékelése során nagymértékben támaszkodom a statisztika és a bioinformatika módszereire.
|
|
Incze Evelyn Erzsébet
Semmelweis Egyetem,
Gyógyszertudományok Doktori Iskola,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Farmakokinetikai változások a daganatos sejtekben
Témavezető: Dr. Monostory Katalin
A daganatokban kialakult rezisztencia több mechanizmuson keresztül valósulhat meg, amelyek közül a módosult gyógyszer-metabolizmusra fókuszálok kutatásom során. A citokróm P450 (CYP) enzimek és a kialakult rezisztencia kapcsolatának tisztázását tűztem ki célul nem kissejtes tüdő adenocarcinomában. Klinikai mintákban CYP2C8 és CYP3A4 kópiaszám meghatározását végzem, amely nagy áteresztőképességű mikrofluidikai rendszeren valósul meg. In vitro tüdő adenocarcinoma (EKVX) és epidermoid carcinoma (A431) sejt-modellekben vizsgálom a nem rezisztens és kísérletesen rezisztenssé tett sejtvonalak érzékenységét kemoterápiás hatóanyagokkal szemben. Meghatározásra kerül a CYP2C8 és CYP3A4 gének kópiaszám változása, a CYP gének mRNS és fehérje expressziója, továbbá a kemoterápiás hatóanyaggal való kezelés hatásait térképezem föl. Kópiaszám meghatározás, illetve a további kiértékelések egy része Pythonban valósul meg.
|
|
Kotmayer Lili
Semmelweis Egyetem,
I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet, Budapest
|
|
|
Kutatási terület: hematológiai malignitások genetikai hátterének vizsgálata
Témavezetők: Prof. Dr. Bödör Csaba, Dr. Alpár Donát
A különböző entitásokban a molekuláris vizsgálatoknak köszönhetően olyan eltérések, mutációk kvantitatív és kvalitatív meghatározását végzem, melyek prognosztikai és prediktív biomarkerként segíthetik a betegségek korszerű kezelését, valamint célzott terápiás gyógyszerek potenciális célpontjaiként szolgálhatnak. Jelenlegi projektjeimben az idősek körében gyakori krónikus lymphocytás leukémia (CLL) és a célzott terápiákkal (ibrutinib, venetoclax) szemben fellépő rezisztencia genetikai hátterét, valamint a főként gyermeket érintő, familiáris myeloid kórképekben megfigyelhető örökletes eltérések jelenlétét vizsgálom modern molekuláris módszerekkel (digitális droplet PCR, új-generációs szekvenálás).
|
|
Kovács Szonja Anna
Semmelweis Egyetem,
Bioinformatikai tanszék,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Az immunterápiára jellemző prediktív biomarkerek azonosítása
Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs
2020-ban végeztem a Debreceni Egyetemen molekuláris biológusként, majd ezt követően kezdtem el a PhD tanulmányaimat a Semmelweis Egyetem Bioinformatika Tanszéken. Ezen vizsgálatokhoz publikusan elérhető transzkriptomikai és klinikai adatokat dolgozok fel. Az in silico beazonosított gének hatásait sejtvonalakon, illetve az Onkobankból származó humán mintákon is validálom. Továbbá, emlőtumoros sejtvonalak nano-injektálását követően vizsgálom a driver mutációk és a kemorezisztencia kialakulásának körülményeit.
|
|
Dr. Krizsán Szilvia
Semmelweis Egyetem,
I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet, Budapest
|
|
|
Témavezető: Prof. Dr. Bödör Csaba, Dr. Alpár Donát
Fő kutatási témám a gyermekkori akut lymphoid leukémia genom- és transzkriptumszintű újgenerációs szekvenálási adatainak elemzése kor- szerű bioinformatikai módszerekkel. Célunk a diagnosztikát, rizikóbecs- lést és a terápiás stratégia meghatározását támogató biomarkerek, genomi variánsok és fúziós transzkriptumok azonosítása. A kapott eredmények biostatisztikai elemzése is része a munkámnak, melyet főképp az R szoft- ver segítségével végzek.
|
|
Kumar Ajneesh
Debreceni Egyetem,
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet,
Debrecen
|
|
|
Kutatási terület: Antimikrobiális és immunmodulátor peptidek, proteomikai bioinformatika
Témavezető: Dr. Csősz Éva
Munkám során célom a proteomikai adatelemzéshez szükséges bioin- formatikai háttér fejlesztése, továbbá adatbázisba rendezzük a humán szervezetben leírt antimikrobiális és immunmodulátor tulajdonsággal rendelkező peptideket és fehérjéket. Ezen adatokat nyilvánosan elérhető- vé és kereshetővé kívánjuk tenni. A szabadon hozzáférhető proteomikai adatbázisokból letöltött adatsorok újraelemzésével, az ismert antimikro- biális és immunmodulátor hatású peptidek jelenlétét és mennyiségi válto- zásait vizsgáljuk meg különböző betegségekben. Érdeklődési területem a neurodegeneratív betegségek, azok közül az Alzheimer-kór.
|
|
Dr. László Tamás
Semmelweis Egyetem,
Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Krónikus limfocitás leukémia molekuláris genetikai hátterének vizsgálata
Témavezető: Prof. Dr. Bödör Csaba
Fő kutatási területem az új célzott terápiákban részesülő, krónikus limfocitás leukémiában (CLL) szenvedő betegek terápiás mélységének meghatározása, innovatív molekuláris vizsgálóeljárások alkalmazásával. Munkánk során célul tűztük ki egy újgenerációs szekvenálás alapú mérhető reziduális betegség monitorozására szolgáló vizsgálat kidolgozását és elérhetővé tételét. Emellett célunk a célzott kezelések során megjelenő rezisztenciamechanizmusok hátterében álló genetikai eltérések feltérképezése, ezáltal új potenciális prognosztikus és/vagy prediktív biomarkerek azonosítása.
|
|
Dr. Loránt Gergő
Semmelweis Egyetem,
Patológiai Tudományok Doktori Iskola,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Az autonóm idegrendszeri működés jelentősége a daganatos betegek esetében
Témavezető: Dr. Szász Attila Marcell
Kutatásom hosszú távú célja, hogy a vagus tónust (és az autonóm idegrendszert) jellemző szívfrekvencia-variabilitást (HRV) biomarkerként vizsgáljam, mint lehetséges faktort elsősorban a daganatos megbetegedések ellátási láncában (etiológia, patofiziológia megismerése, prevenció lehetősége, korai diagnózis, prognózisalkotás, betegkövetés). Kutatásom célja rövidtávon az, hogy bizonyítsam, hogy az autonóm idegrendszeri működés vizsgálatának jelentősége van a daganatos betegek esetében; illetve hogy az ezt a működést jellemző szívfrekvencia- variabilitás egy lehetséges prognosztikus faktor esetünkben.
|
|
Maher Alnajjar
Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem,
Genetika és Biotechnológia Intézet,
Gödöllő
|
|
|
Kutatási terület: Humán és egér transzkripciós faktor kötőhelyek
Témavezető: Dr. Barta Endre
Munkánk során távolabbi rokon nyúlfajtákat keresztezünk, majd mind a szülőknél, mind az utódoknál RNA-seq szekvenálást végzünk húsmin- tákból. Az RNA-seq kiértékelésénél olyan géneket keresünk, amelyeknél más az anyai és az apai szekvencia, így meg tudjuk állapítani az allélspe- cifikus expresszió mértékét. A kísérletbe bevont egyedeknek a genom- szekvenciáját is meghatározzuk. A genomszekvenciában bioinformatikai módszerekkel próbáljuk megkeresni az eltérő expressziót okozó variá-ciókat.
|
|
Mangó Katalin
Semmelweis Egyetem,
Természettudományi Kutatóközpont,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Citokróm P450 polimorf allélvariánsok hatása a ciklofoszfamid kezelés kimenetelére
Témavezető: Dr. Monostory Katalin
A xenobiotikumok átalakítását végző humán citokróm P450 (CYP) enzimcsalád minor tagja a CYP2B6 izoenzim, mely a legfontosabb katalizátora a ciklofoszfamid kemoterápiában és immunszupresszánsként alkalmazott hatóanyag bioaktivációs útvonalának. A CYP2B6 májban mérhető expressziója, illetve aktivitása meghatározhatja a ciklofoszfamid metabolizmusát, így hatással lehet a citosztatikus (foszforamid mustár) és toxikus mellékhatást okozó metabolitok (akrolein, klóracetaldehid) képződésére. A CYP2B6 májban kialakult fenotípusát elsősorban a funkcionális eltérést okozó polimorf allélvariánsai határozzák meg, azonban ezt számos nem-genetikai tényező csökkentheti, illetve növelheti. Munkám során célul tűztem ki a CYP2B6 fenotípusra ható genetikai és nem-genetikai tényezők vizsgálatát humán szervdonorok májszövet-mintáinak felhasználásával. A genotípus alapú fenotípus becslési eredményeket felhasználva igyekszünk becsülni neuroblastomás gyermekek CYP2B6 genotípusa alapján a ciklofoszfamid terápia hatékonyságát és a kiválasztószervrendszert valamint, - májat érintő toxicitás megjelenését.
|
|
Müller Dalma
Semmelweis Egyetem,
Bioinformatika Tanszék,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Genomszintű DNS metilációs és transzkriptomikai adatok elemzése tumoros, normál és metasztatikus szövetmintákban.
Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs
Kutatásom során elsősorban vastagbél adenokarcinómában vizsgálom a DNS metilomot, umorprogresszióban betöltött szerepének vizsgálata, illetve új, metiláció-alapú biomarker-jelöltek azonosítása. Mindezek
mellett az összegyűjtött adatokat egy, a különböző szövetek összehasonlítását szolgáló webes felület létrehozásán dolgozom. Elsősorban microarray technológia felhasználásával készült adatok elemzése által. Munkám célja a DNS metiláció tumorprogresszióban betöltött szerepének vizsgálata, illetve új, metiláció-alapú biomarker-jelöltek azonosítása. Mindezek mellett az összegyűjtött adatokat egy, a különböző szövetek összehasonlítását szolgáló webes felület létrehozásán dolgozom.
|
|
Dr. Nagy Nikoletta Andrea
Debreceni Egyetem,
Biológiai és Ökológiai Intézet,
Debrecen
|
|
|
Kutatási terület: A nagyfejű csajkó utódgondozó viselkedésének genetikai háttere
Témavezetők: Dr. Barta Zoltán, Dr. Németh Zoltán
Fő kutatási területem egy kétszülős utódgondozással rendelkező bogárfaj, a nagyfejű csajkó (Lethrus apterus) szaporodási viselkedésének vizsgálata genom és transzkriptom szinten. Munkám során főleg újgenerációs szek- venálásból származó adatokat dolgozok fel bioinformatikai módszerekkel. Célom az utódgondozó viselkedéssel összefüggő gének, illetve transzkrip- tumok azonosítása, szezonális expressziójának vizsgálata és funkcionális annotációja.
|
|
Oravecz Orsolya
Eötvös Loránd Tudományegyetem,
Természettudományi Kutatóközpont,
Enzimológiai Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Az anyai-magzati kapcsolat sejtes és molekuláris szintű immunszabályozása
Témavezetők: Dr. Than Nándor Gábor és Dr. Papp-Balogh Andrea
Kutatómunkám a terhességi immunológia témakörében folytatom, ezen belül is azon méhlepényi glikánok és a glikán-kötő galektinek szerepét vizsgálom, melyek fontos szerepet játszanak az anyai immunrendszer szabályozásában és/vagy a placentációban, és kórosan megváltozott expressziójuk összefüggésben van terhességi kórképek kialakulásával. A mögöttes molekuláris mechanizmusok azonban még koránt sem ismertek teljesen, így a méhlepényi glikánok és galektinek egészséges terhességben és nagy szülészeti kórképekben betöltött szerepének felderítése áttörést hozhat előrejelzés, megelőzés, diagnózis és a terápia területén is.
|
|
Dr. Nagy Ákos
Semmelweis Egyetem,
I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet, Budapest
|
|
|
Kutatási terület: B-sejtes limfómák minimál invazív detektálása és nyomon követése folyadékbiopsziával
Témavezető: Prof. Dr. Bödör Csaba
PhD-munkám során B-sejtes non-Hodgkin-limfómában szenvedő be- tegektől gyűjtött vérplazmamintákból izolált keringő sejtmentes DNS-t vizsgáljuk újgenerációs szekvenálás segítségével. Célunk a folyadék- biopsziás eljárás rejtette lehetőségek demonstrálása a szelektív terápiás nyomás hatására létrejövő klonális evolúció minimál invazív detektálása szempontjából. Vizsgáljuk továbbá a különböző anatómiai régiókban elhelyezkedő limfómás klónok egyidejű minimál invazív detektálási lehetőségét is folyadékbiopsziás eljárás segítségével.
|
|
Erdenetsetseg Nokhoijav
Debreceni Egyetem,
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet,
Debrecen
|
|
|
Kutatási terület: proteomikai és metabolomikai analízisek nagy populációkat érintő betegségekben
Témavezető: Dr. Csősz Éva
Kutatásom célja a nagy populációkat érintő betegségek, elsősorban a cu- korbetegség és komplikációinak vizsgálata. Metabolomikai és proteo- mikai módszerekkel kívánom vizsgálni a cukorbetegségre és kompliká- cióira jellemző metabolit- és fehérjemintázatokat. Célom a szemet érintő komplikációk szérumszinten megjelenő változásainak vizsgálata és olyan potenciális biomarkerek azonosítása, amelyek a diabéteszes retinopátia megjelenését és súlyosbodását előre jelezhetik.
|
|
Pálné Szén Orsolya
Debreceni Egyetem,
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet,
Debrecen
|
|
|
Kutatási terület: Humán és egér transzkripciós faktor kötőhelyek elemzése
Témavezető: Dr. Barta Endre
Kutatócsoportunk korábbi munkájának eredményeként létrejött egy átfogó, humán ChIP-seq kísérleteket tartalmazó adatbázis, a ChIPSummitDB (http://summit.med.unideb.hu/summitdb/).
A ChIPSummitDB jelenleg az egyes humán transzkripciós faktorok (TF) cisztromjairól, valamint a DNS kötőhelyekről és kofaktorokról nyújt globális képet. További célunk és fő munkám, hogy az adatbázist kibővítsük az egér ChIP-seq kísérletek hasonló elemzéseivel, mely által lehetővé válik a TF kötőhelyek szerepének és működésének pontosabb megértése és a korábban ismeretlen transzkripciós szabályozó hálózatok azonosítása.
|
|
Dr. Péterffy Borbála
Semmelweis Egyetem,
ÁOK Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Gyermekkori akut limfoblasztos leukémia genomikai és transzkriptomikai hátterének feltérképezése
Témavezető: Dr. Alpár Donát, Prof. Dr. Bödör Csaba
PhD munkám fő témája gyermekkori akut limfoblasztos leukémia genomikai és transzkriptomikai hátterének vizsgálata, újgenerációs szekvenálással. Munkánk célja kópiaszám eltérések, mutációk és fúziók detektálása, illetve esetleges célzott terápiás célpontok azonosítása korszerű, nagy áteresztőképességű módszerekkel. Célunk, hogy az azonosított eltérésekkel hozzájáruljunk a rizikóstratifikáció finomításához, illetve, hogy segítsük a rizikóadaptált terápiás stratégiákat.
|
|
Posta Máté
Semmelweis Egyetem,
Természettudományi Kutatóközpont
Enzimológiai Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: A nagy szülészeti kórképek patomechanizmusai, korai predikciója és diagnózisa
Témavezető: Prof. Dr. Papp Zoltán és Dr. Than Nándor Gábor
Munkánk során egészséges és patológiás terhességekből származó minták „omikai” adatainak bioinformatikai elemzését végezzük. Érdeklődésünk fő körében a preeclampsia, az IUGR, és a vetélések állnak. Célunk különböző expressziós mintázatok felismerése és ezen keresztül a betegségek kóros patofiziológiai mechanizmusainak feltárása, molekuláris útvonalak alapján a kórképek differenciálása. Olyan biomarkereket keresünk, melyek már a betegség megjelenését megelőző stáudiumban előrejelezhetik ezen kórképek későbbi megjelenését.
|
|
Szeitz Beáta
Semmelweis Egyetem,
I.sz. Belgyógyászati és Onkológiai Klinika,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: Biomarkerek szolid daganatokban, proteogenomika, bioinformatika
Témavezető: Dr. Szász Attila Marcell
Fő kutatási területem a melanoma proteogenomikai analízise, emellett kissejtes és nem kissejtes tüdőrák proteomikai vizsgálatából származó adatok statisztikai és bioinformatikai elemzésével foglalkozom. Munkámat a European Cancer Moonshot Lund Center-el (www.cancermoonshotlund.com) együttműködve végzem. Potenciális terápiás célpontokat, a gyógyszerek hatását szabályozó folyamatokat térképezünk fel, emellett a betegség progresszióját, az áttétképzést és a túlélést befolyásoló mechanizmusokat is vizsgáljuk. Célunk, hogy
kutatásainkkal a betegek javát szolgáló, a klinikai gyakorlatban is hasznosítható ismereteket gyűjtsünk.
|
|
Udvarnoki Zoltán András
Eötvös Loránd Tudományegyetem,
Fizikai Intézet,
Budapest
|
|
|
Kutatási terület: újgenerációs szekvenálási adatok feldolgozása, kiértékelése, MHC-peptid-kötődése
Témavezető: Prof. Dr. Csabai István
Csabai István bioinformatikai kutatócsoportjában biológiai adatok, köztük újgenerációs szekvenálási adatok feldolgozásával, kiértékelésével foglalkozom, különös tekintettel a gépi tanulás, deep learning alkalmazására. Eddigi főbb munkáim az MHC-peptid-kötődés becsléséhez, valamint genetikai mutációk, illetve műtermékek deep learning segítségével történő meghatározásához kapcsolódtak.
|
