Az elmúlt évtizedek technológiai fejlődésének köszönhetően egyre nagyobb mennyiségben keletkeznek adatok. Az adatok expanzív növekedésének lehetünk tanúi az élettudományokban is, különösen a genomikai kutatások során alkalmazott újgenerációs szekvenálási technológiák szolgáltatnak új, korábban nem látott mennyiségű adatot. Megfigyelhető, hogy sok esetben az adatok feldolgozása jelenti a szűk keresztmetszetet. Ennek potenciális magyarázata az, hogy a kiértékelést segítő számítógépes programok készítése és futtatása speciális szakértelmet és környezetet igényel, gondoljunk a sokakat elriasztó UNIX / Linux rendszerű számítógépekre és a parancssoros felhasználói környezetre. További korlátot jelenthet, hogy a nagy adattömegek elemzése erős hardveres követelményeket támaszt. Ezen segít a GALAXY platform.
A Semmelweis Egyetemen is van egy GALAXY platform, amely fenntartásában vezető szerepe van Dr. Fekete János Tibornak, a Semmelweis Egyetem adjunktusának. Elérhetőség: fekete.janos@med.semmelweis-univ.hu.
A Galaxy platform egy könnyen kezelhető grafikus felhasználói felületet (graphical user interface, GUI) biztosít, amely egyszerűvé teszi az adatok komplex kezelését. A GUI segítségével a felhasználó feltölti saját adatait, de elérheti más felhasználók vagy adattárházak megosztott adatait is. Ez az adatmegosztás kiváló lehetőséget biztosít a különböző szakterületeken dolgozó kutatók számára a csapatmunka megvalósítására.
A Galaxy szervereken található eszköztár biztosítja a feladatok megoldására használható szoftvercsomagok gyors elérését, paraméterezését, végül az eredményeket, amelyek szintén megoszthatók. Fontos kiemelni, hogy a rendszer használatával biztosíthatjuk, hogy elemzésünk bármikor reprodukálható legyen.
Mivel kurzusaink a gyakorlati felhasználásra helyezik a hangsúlyt, ezért fontos volt, hogy hallgatóink számára egy olyan, könnyen használható platformfüggetlen eszközt tudjunk ajánlani, amely minimális informatikai tudással is lehetővé teszi a feladatok gyors megoldását és azok ellenőrzését.
Tovább a Semmelweis Galaxy szerverre
Dr. Fekete János Tibor
