Dr. Tusnády Gábor (TTK) és csapata létrehozta a TmAlphaFold adatbázist, amely a legmodernebb eszközökkel határozza meg a membránsík legvalószínűbb helyzetét.
Az AlphaFold2 (AF2) mesterséges intelligencia által vezérelt fehérjeszerkezet-modellező alkalmazás új határokat nyitott a strukturális biológia szinte valamennyi területe előtt. Mivel a transzmembránfehérjék hagyományos szerkezet-modellezési módszerei bonyolultak és pontatlanok voltak, az AF2 nagy segítséget jelent a szerkezeti biokémiával foglakozó kutatók számára. A viszonylag csekély számú kísérleti struktúrát kiegészítve az AF2 több százezer alfa-hélix tartalmú membránfehérje 3D modelljét állította elő. Mivel a becsléshez használt megbízható szerkezeti sablonok száma rendkívül kevés volt, valamint az AF2 kifejlesztése során a membránfehérjék fizikai-kémia környezetét, a fázishatárokat nem vették figyelembe, így számos esetben a kapott modell nem felel meg a transzmembrán fehérjékre vonatkozó egyszerű szabályoknak.
Egy új adatbázisban, a Transmembrane AlphaFold adatbázisban (TmAlphaFold adatbázis) a TMDET-et, egy egyszerű geometria-alapú módszert alkalmazták a membránsík legvalószínűbb helyzetének meghatározására az AF2 szerkezeteket felhasználva. Az eljárás alkalmazása számos olyan paramétert eredményezett, amelyek alkalmasak a fehérje membránban való elhelyezkedésének értékeléséhez. A TmAlphaFold adatbázis azt is megadja, hogy a megjósolt 3D szerkezet reális-e vagy sem. A TmAlphaFold adatbázis elérhető a https://tmalphafold.ttk.hu/ címen.
A Dr. Tusnády Gábor vezetésével készült, az adatbázist részletesen bemutató Nucleid Acids Research (D1-es rangú) újságban megjelent cikk itt olvasható.
