Dr. Dosztányi Zsuzsanna ELIXIR Vezető kutató és ELIXIR board tag irányításával készült tanulmány 2024. júliusában jelent meg a Nucleid Acids Research nevű újságban.
Az intrinszik rendezetlen fehérjék és fehérje régiók (IDP-k/IDR-ek) fontos biológiai funkciókat látnak el anélkül, hogy egyetlen, jól meghatározott szerkezetük lenne. Ezeknek a fehérjéknek a vizsgálata kísérleti módszerekkel nagy kihívást jelent, ezért a számítógépes módszerek kulcsszerepet játszanak a jellemzésükben. Az egyik leggyakrabban használt eszköz az IUPred web szerver, amely a rendezetlen régiók és kötődési helyeik előrejelzését végzi. Az IUPred egy egyszerű biofizikai modellen alapul, és nagyrészt globuláris fehérjeszerkezetekből származó korlátozott számú paramétert használ. Ez rendkívül gyors és robusztus előrejelzési módszert tett lehetővé, ám a legújabb áttörést jelentő mélytanulási technikák fényében korlátai is nyilvánvalóvá váltak.
A közleményben a szerzők bemutatják az AIUPred-et, az IUPred új változatát, amely mélytanulási technikákat integrál az energia becslési keretbe. Az AIUPred nagyobb teljesítményű, miközben megőrzi az eredeti módszer robusztusságát. A legújabb benchmark adathalmazok értékelése alapján az AIUPred az első három egyszálú szekvencia alapú módszer között szerepel. Az új web szerver gyors és megbízható vizuális elemzést kínál a felhasználók számára, valamint lehetőséget biztosít teljes genomok elemzésére néhány másodperc alatt a letölthető csomaggal. Az AIUPred elérhető a https://aiupred.elte.hu oldalon.
Az AIUPred a bioinformatika és a mesterséges intelligencia találkozásának köszönhetően forradalmasítja a rendezetlen fehérjék tanulmányozását, lehetővé téve a kutatók számára, hogy gyorsan és pontosan elemezzék a fehérjék szerkezetét és funkcióit.
A közlemény teljes terjedelmében ezen a linken olvasható.
